Finansijskim istragama i općenito istražnim postupkom rukovode nadležna kantonalna tužilaštva, u kojima specijalizirani tužioci postupaju u krivičnim predmetima gdje postoje osnovi sumnje da je izvršenjem krivičnih djela pribavljena imovinska korist sa ciljem otkrivanja te koristi, njenog privremenog osiguranja i predlaganja Sudu da se ostvarena korist trajno oduzme.

Nadležni općinski ili kantonalni sudovi u okviru sudske faze rješenjem odlučuju o prijedlogu tužilaštva za određivanje (privremenih) mjera osiguranja imovinske koristi, na način da odrede blokadu i/ili zapljenu konkretne imovine, te u toku redovnog ili posebnog postupka donose presude kojima se trajno oduzima imovinska korist pribavljena krivičnim djelom. U okviru ove faze i Vrhovni sud Federacije BiH također učestvuje kao žalbeni sud na odluke kantonalnih sudova donesene u ovom postupku.

Do konkretnih saznanja da je izvršenjem krivičnih djela pribavljena imovinska korist najčešće prvi dolaze policijski službenici kantonalnih i Federalnog ministarstva unutrašnjih poslova, koji pod nadzorom i uputama postupajućih tužilaca provode brojne i raznovrsne mjere i radnje finansijskih istraga, kako bi se imovinska korist otkrila, pratila i identifikovala radi poduzimanja narednih koraka u postupku.

Federalna agencija za upravljanje oduzetom imovinom je samostalna federalna upravna organizacija koja postupa u skladu sa rješenjima, presudama i drugim nalozima sudova koji su donijeli odluke o privremenom ili trajnom oduzimanju imovinske koristi pribavljene krivičnim djelom. Agencija je ključni institucionalni mehanizam koji osigurava zakonito, blagovremeno i efikasno postupanje sa imovinom koja je predmetom oduzimanja u krivičnim postupcima. Agencija se također bavi stručnom edukacijom, statističkim izvještavanjem i provođenjem analiza, kao i drugim poslovima, što je čini nezaobilaznim subjektom postupka za oduzimanje imovinske koristi pribavljene krivičnim djelom.

Federalno pravobranilaštvo Federacije BiH je zakonom određen organ koji je nadležan za pokretanje postupka (prinudnog) izvršenja sudskih presuda kojima je određeno oduzimanje imovinske koristi pribavljene krivičnim djelom. Federalni pravobranioci su ovlašteni podnositi prijedloge za izvršenje pred nadležnim općinskim sudovima, pratiti tok izvršenja te ostvarivati službenu saradnju sa Agencijom i drugim nadležnim institucijama sa ciljem potpunog provođenja postupka izvršenja.

Izvršenje sudskih odluka, bilo da se radi o rješenjima o mjerama osiguranja ili presudama kojima je određeno trajno oduzimanje imovinske koristi u pojedinim situacijama iziskuje angažman Sudske policije Federacije BiH. Ova institucija je nadležna da pruži asistenciju, pomoć i saradnju sudovima i Agenciji kako bi se stvorile potrebne sigurnosne pretpostavke za provođenje postupka izvršenja spomenutih sudskih odluka.

U postupku za oduzimanje imovinske koristi pribavljene krivičnim djelom učestvuju i druge nadležne institucije i okviru pojedinih faza ovog postupka. Porezna uprava Federacije BiH je aktivan učesnik istražne faze postupka, naročito u pogledu vršenja provjera i prikupljanja dokaza o zakonitim prihodima određenih osoba, a uloga ove institucije je predviđena i tokom sudske faze postupanja.

Regulatorne i nadzorne institucije, registri imovine i drugi relevantni subjekti imaju svoju specifičnu ulogu u okviru ovog postupka. Neki od njih su Komisija za vrijednosne papire Federacije BiH, Finansijska policija Federacije BiH, Agencija za bankarstvo Federacije BiH, Registar vrijednosnih papira u Federaciji BiH, poslovne banke, društva za upravljanje fondovima, zemljišno-knjižni uredi te izvršna i odjeljenja registara za upis pravnih osoba pri općinskim sudovima i drugi.